질문에서 정답을 이미 다 말씀하셨습니다. "뭔가 수학 문제를 모르겠어서 바로 해설을 봐서 이해하고 넘어갔는데 다시 똑같이 모르는 문제가 나오면 못 풀 것 같은 그런 느낌이랄까요"  스스로 문제를 풀어나가다 도무지 답을 알 수 없을 때 수학자습서를 찾아보듯이 주석도 그렇게 참조하시면 됩니다.

신학적 전문 용어나 역사적 상황을 설명한 부분은 주석서를 미리 보는 편이 좋습니다. 문제의 뜻부터 알지 못하면 이미 알고 있는 수학 공식이나 해법이 아무 소용 없듯이, 성경 말씀 자체의 문자적인 의미를 몰라선 그 안에 함의된 영적 진리는 아예 추측도 못하게 되기 때문입니다.

물론 자습서에서 문제 해결의 힌트만 참조하려다 끝까지 다 봐버리듯이,  그런 부분만 참고하려다 말씀의 뜻과 함께 영적 진리의 설명까지도 다 보게 되는 경우가 생깁니다. 결국 본인이 자기만의 주석서 활용법을 스스로 터득하는 수밖에 없습니다.  

누구나 이전에 주석까지 보고 말씀을 잘 이해했어도 다음에 보면 또 잊어버리거나, 이전에 몰랐던 새로운 뜻을 깨달을 수 있습니다. 따라서 계속 성경을 반복해서 통독과 정독을 함께 행하면서, 주석의 도움을 어떤 식으로 받든 간에, 매일 꾸준히 말씀을 공부하는 습관을 들이는 것이 더 중요합니다.